控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
真空管内的水垢会影响加热效率，水垢越厚加热越慢，所以会有太阳能热水器使用时间越长，加热越慢的现象。清洗以后水垢消除，加热时间缩短，节省电费。水垢会占用水箱容积，水垢厚了，能储存的热水量就少了。去除水垢，水箱的热水储存量就能越来越多。
磁化除垢法：磁化法水处理是使水流通过一个磁场，然后再流入管道或太阳热水器系统，经过磁力线切割后，水中的钙镁盐类不能结垢或不能结成坚硬的水垢，而是形成微小的颗粒，随水流动。磁化除垢是通过磁化方式将已有的水垢清除的过程。磁化除垢的机理有两个方面：一方面是在磁力作用下，水垢晶体发生极化，降低了水垢的稳定性，使得水垢被不断地溶解，被水流冲走。
夏季水桶内的热水使用后应及时加满(放心加水，只要玻璃管内有水就不会爆裂的，玻璃管内的水是放不出来的，除非长期不使用也没有加水，玻璃管内的水都被蒸发掉了，这种情况下有太阳照射时是不能加水的)，这样可以降低水桶内的水温，减少结垢，如果没有水温、水温显示仪的话，建议加装一个，这样可以方便地查看水桶内的水温和水位情况。要尽量使水桶内的水温低于80度，60-70度，这样就不会产生水垢了。夏季洗衣服、洗碗等都尽量使用热水，然后及时加满自来水，以降低水桶内的水温。夏天如果水桶内的水温过高，可用防晒网或其它物品将玻璃管罩住，降低太阳的照射。